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Existe uma diferença entre algum destes termos para proteínas: “estrutura cristalina”, “estrutura NMR”, “estrutura da solução” e “estrutura complexa”?

Existe uma diferença entre algum destes termos para proteínas: “estrutura cristalina”, “estrutura NMR”, “estrutura da solução” e “estrutura complexa”?


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Meu dever de casa quer que eu plote todas as estruturas de cristal determinadas por ano, mas quando eu procuro no PDB para todas as estruturas, muitos dos artigos dizem "estrutura de cristal", mas alguns dizem "estrutura de solução" ou mesmo "estrutura complexa". Todos esses são considerados subconjuntos de "estrutura cristalina"?


Dependendo de com quem você fala (normalmente, leigos e cientistas que não são bioquímicos estruturais), o termo "estrutura de cristal" é freqüentemente interpretado como significando "alguma determinação da estrutura molecular, seja por cristalografia real ou algum outro meio".

Por exemplo, uma estudante de graduação está conversando com seu orientador, um imunologista, sobre a relação estrutura-função entre uma certa proteína do capsídeo viral e os antígenos peptídicos que eles estão usando para criar famílias de anticorpos para o vírus. O consultor se refere consistentemente à "estrutura cristalina" recentemente publicada da proteína, embora o estudo real tenha sido realizado usando uma combinação de espectros de RMN obtidos a partir de soluções, microscopia eletrônica e técnicas de modelagem de química computacional mecânica quântica, e nenhum cristal foi realmente estudado.

Portanto, você provavelmente deseja falar com seu professor / professor e esclarecer o que ele está procurando. Provavelmente, se você está em algum tipo de graduação ou classe de pós-graduação do primeiro ano, eles estão apenas procurando por "determinação estrutural" em geral, mas podem estar procurando especificamente por aqueles modelos que foram gerados usando cristais reais, então pergunte é sempre melhor.

Devo observar que existem diferenças metodológicas e computacionais significativas ao determinar a estrutura por meio de cristalografia de raios-X, vários tipos de RMN, microscopia eletrônica (com ou sem cristais como alvo), as chamadas determinações "complexas", etc. Encontre uma estrutura biólogo para aprender muito, muito mais.


Eu concordo com o que MattDMo disse, mas apenas para enfatizar - uma 'solução' ou estrutura de 'NMR' não é uma estrutura de cristal. ('Estrutura complexa' provavelmente significa a estrutura de um complexo, por exemplo, entre uma proteína e um ligante.) Para ser uma estrutura cristalina, a estrutura deve ser determinada usando cristalografia de raios-X.

Na página inicial do Protein Data Bank, escolha Busca Avançada.

Em seguida, use o menu suspenso Escolha um tipo de consulta: selecionar Método experimental. Isso irá preencher automaticamente com o RAIO X opção que você deseja - dê uma olhada nas outras opções.

Você pode então usar Adicionar critérios de pesquisa para acrescentar um novo campo onde você pode selecionar um intervalo de datas.



Comentários:

  1. Jake

    a resposta notável :)

  2. Gadiel

    Peço desculpas, mas acho que você está errado. Eu me ofereço para discutir isso. Escreva para mim em PM, vamos lidar com isso.

  3. Jonathon

    Curioso, mas não claro

  4. Bayard

    ficar louco

  5. Tazilkree

    É apenas condicional, nada mais



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