Em formação

C14. Links e referências - Biologia

C14. Links e referências - Biologia


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

  1. Nature 465 (2010) 441-447. doi: 10.1038 / nature09066
  2. Nature 465 (2010) 428-429.
  3. Journal Biological Chemistry 284, (2009) 29773–29783.
  4. Journal Biological Chemistry 286 (2011) 18056-18065
  5. Wantanbe, R. et al. Nature Chemical Biology, 6, 814-820 (2010)
  6. Vander Heiden, M. Compreendendo o Efeito Warburg: Os requisitos metabólicos da proliferação celular. Science 234, pág. 1029 (2009).
  7. Kersten, S. Roles of PPARs in health and disease. Natureza. 405, PÁG. 421 (2000)
  8. Yankovskaya, V. Architecture of succinate desidrogenase e geração de espécies reativas de oxigênio. Ciência. 299, pág. 700, 671 (2003)
  9. Oliver, S. Demand Management in Cells. 48, página 33 (2002)
  10. Rastogi e Girvin. Mudanças estruturais ligadas à translocação de prótons pela subunidade c da ATP sintase. 402, página 263 (1999)
  11. Larsen et al. Conselhos dietéticos sobre Q e extensão da expectativa de vida em C. Elegans por uma dieta sem coenzima Q (radicais livres e envelhecimento?). 295, páginas 54, 120 (2002)
  12. Lower et al. Como as bactérias respiram os minerais. 292. pág. 1312, 1360 (2001)
  13. Echtay et. al. A coenzima Q é um cofator obrigatório para desacoplar a função da proteína. Nature 408, pág. 609 (2000)
  14. Chen et al. Mecanismo definido atomicamente para transferência de prótons para um centro redox enterrado em uma proteína. 405, PÁG. 814 (2000)
  15. Echtay et al. O superóxido ativa as proteínas de desacoplamento mitocondrial. 415. pág. 96 (2002)

Fronteiras em bioengenhariae Biotecnologia

As afiliações do editor e dos revisores são as mais recentes fornecidas em seus perfis de pesquisa do Loop e podem não refletir sua situação no momento da revisão.


  • Baixar Artigo
    • baixar PDF
    • ReadCube
    • EPUB
    • XML (NLM)
    • Suplementar
      Material
    • EndNote
    • Gerente de Referência
    • Arquivo TEXT simples
    • BibTex


    COMPARTILHAR NO

    Em direção ao gráfico da variação humana

    Uma estrutura de gráfico é uma maneira natural de representar um conjunto de genoma baseado em população, com ramificações no gráfico representando todas as variações encontradas nas sequências de origem. A maioria dos programas de montagem usa internamente uma representação gráfica para construir a montagem, mas acaba produzindo uma estrutura achatada para uso por ferramentas posteriores [12-14]. Recentemente, propostas formais para representar um gráfico de referência com base na população foram descritas [15-17]. A recém-formada Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) está liderando um esforço para formalizar estruturas de dados para conjuntos de referência baseados em gráficos, mas provavelmente levará anos para desenvolver a infraestrutura e as ferramentas de análise necessárias para dar suporte a essas novas estruturas e ver sua disseminação adoção nas comunidades de pesquisa biológica e clínica [18].

    A introdução de loci alternativos no modelo de montagem fornece um trampolim para uma representação completa baseada em gráfico de um genoma de referência baseado em população. Os loci alternativos fornecidos pelo GRC são baseados em uma sequência acabada de alta qualidade. Embora não seja viável representar todas as variações conhecidas usando o esquema de locus alternativo, este modelo nos permite representar melhor as regiões com níveis extremos de diversidade. Loci alternativos não se destinam a representar todas as variações dentro de uma população, mas sim fornecer uma solução imediata para adicionar sequências que faltam na montagem do cromossomo. Na prática, a adição de locus alternativos é limitada pela disponibilidade de sequência genômica de alta qualidade, e o GRC tem se concentrado em representar a sequência nas mais diversas regiões, como o complexo principal de histocompatibilidade (MHC). A representação de todas as variações da população é mais adequada para uma representação baseada em gráfico. A alta qualidade da sequência nesses locais fornece dados robustos para testar implementações de gráfico. Além disso, como o NCBI e o Ensembl anotaram essas sequências, também podemos começar a tratar de como anotar estruturas de gráfico nesses locais complexos.

    Enquanto GRCh37 tinha apenas três regiões contendo nove sequências de locus alternativas, GRCh38 tem 178 regiões contendo 261 sequências de locus alternativas, representando coletivamente 3,6 Mbp da nova sequência e mais de 150 genes não representados na montagem primária (Tabela 1). O maior nível de representação de sequência alternativa intensifica a urgência de desenvolver novos métodos de análise para apoiar a inclusão dessas sequências. A inclusão de todas as sequências no assembly de referência nos permite analisar melhor essas regiões com atualizações potencialmente modestas nas ferramentas e estruturas de relatório usadas atualmente. Embora a adição de loci alternativos aos pipelines de análise atuais possa levar apenas a ganhos modestos no poder de análise em uma escala ampla do genoma, alguns loci verão melhorias consideráveis ​​devido à adição de quantidades significativas de sequência que não podem ser representadas com precisão no cromossomo montagem (Figura 1).


    Resultados e discussão

    Seqüência do genoma completo

    O DNA genômico de um abutre cinereous foi sequenciado usando o Illumina HiSeq2000. Obtivemos 595 milhões de leituras emparelhadas (comprimento total, 119 Gb) com um comprimento de leitura de 100 bp e um tamanho de inserção de 346 bp (Arquivo adicional 1: Tabela S1). Nós realizamos um K-mer análise (K = 17) usando as sequências do genoma completo do abutre (arquivo adicional 2: Fig. S1), e estimamos que o genoma seja de aproximadamente 1,13 Gb (arquivo adicional 1: Tabela S2), o que é consistente com as estimativas para outras aves (1,0– 1,2 Gb) [11-15]. Como não há genoma de referência do abutre cinereous, alinhamos as leituras de DNA com a referência da águia careca, que (como um membro dos Accipitridae) é uma das espécies mais próximas do abutre cinereous e de maior cobertura do que a águia de cauda branca ( outra espécie de Accipitridae) [10]. A taxa de mapeamento foi relativamente alta (89,61%), e as leituras mapeadas cobriram 91,45% e 89,84% do genoma de referência e região de codificação de proteína em 15 × ou maior profundidade, respectivamente (Arquivo adicional 1: Tabela S1). Em comparação com a referência da águia careca, houve aproximadamente 34 milhões de variações de nucleotídeo único (SNVs) e 2,0 milhões de pequenas inserções ou deleções (indels) no abutre cinereous. Os SNVs foram compostos por 32.093.779 (95,6%) homozigotos e 1.482.652 (4,4%) SNVs heterozigotos (Arquivo adicional 1: Tabela S3).

    Análises evolutivas comparativas

    Um conjunto de espécies próximas, mas distintas, com diferenças de características claras pode nos permitir prever variantes que podem conter informações de associação genofenótipo se seus genomas inteiros forem comparados [16, 17]. Para nossas análises evolutivas comparativas, geramos uma sequência de consenso de DNA do abutre cinereous, substituindo os SNVs de abutre detectados a partir de todos os dados de sequenciamento do genoma para o genoma de referência da águia americana. Em seguida, identificamos os genes ortólogos entre a sequência consenso do urubu cinereous e os 3.710 grupos de genes ortólogos de 17 genomas aviários (pinguim adélia, corvo americano, águia careca, galinha, andorinhão, cuco comum, íbis crista, pica-pau felpudo, cigana, assassino, pequeno garça, pato-real, avestruz, falcão-peregrino, pombo-correio, abutre-peru e águia de cauda branca) relatado anteriormente [18], combinando e adicionando os genes do abutre cinereous aos aglomerados ortólogos dos genes da águia-careca. Um total de 48.081 sítios degenerados quadruplicados das famílias de genes ortólogos foram usados ​​para calcular o tempo de divergência entre o urubu e as outras espécies de aves. O tempo de divergência entre o urubu e a águia americana foi estimado em 18 milhões de anos atrás (MYA) (Arquivo adicional 2: Fig. S2). Esta divisão é mais antiga do que o tempo de divergência entre a águia careca e a águia-de-cauda-branca (6–7 milhões de anos), e muito mais jovem do que a dos abutres do Velho Mundo e dos abutres do Novo Mundo (cerca de 60 milhões de anos) [19], confirmando que o urubu cinereous está mais intimamente relacionado com as águias.

    A identificação de genes selecionados positivamente (PSGs) é uma ferramenta genômica chave para entender a evolução das espécies, especialmente sob distintas pressões ambientais. Identificamos genes que evoluem sob seleção positiva, realizando testes para desvios no d N/d S razão (substituições não sinônimas por site não sinônimo para substituições sinônimas por site sinônimo, ω) e testes de razão de verossimilhança (LRTs) (P ≤0,05) [20, 21]. Nós descobrimos com sucesso um conjunto de genes selecionados positivamente no clado Accipitrimorphae (ordens Accipitriformes e Cathartiformes: águia careca, abutre cinereous, águia de cauda branca e abutre de peru). Um total de sete e 136 genes foram identificados como PSGs usando, respectivamente, um modelo de local de ramificação com 10% de taxa de descoberta falsa (FDR) e um modelo de ramificação (1 & lt d N / d S ≤5 foi interpretado como seleção positiva) (Arquivo adicional 1: Tabelas S4 e S5). Para investigar o enriquecimento funcional desses PSGs, foi utilizada a ferramenta de anotação funcional DAVID (Arquivo adicional 1: Tabela S6) [22].

    A fim de investigar os PSGs biologicamente significativos do Accipitrimorphae, selecionamos os PSGs associados ao sistema digestivo no banco de dados KEGG (Tabela 1) [23], uma vez que é conhecido que os Accipitrimorphae têm estômagos extremamente ácidos [24, 25]. Entre os PSGs dos Accipitriformes, a Somatostatina (SST) (ωmédia: 0,04840, ωAccipitriformes: 1.4515) estava envolvido na via do sistema digestivo. SST é um forte inibidor da liberação de gastrina e desempenha um papel na regulação da secreção de ácido gástrico [26]. Nós sugerimos que SST foi selecionado funcionalmente no clado Accipitrimorphae.

    O urubu-cinereous pertence à família dos Accipitridae juntamente com a águia-careca e a águia-de-cauda-branca, enquanto o urubu-peru (Aura cathartes) pertence à família dos Cathartidae, que é um necrófago obrigatório como o urubu cinza [27]. Para identificar as adaptações convergentes e únicas para um estilo de vida necrófago [28], comparamos os PSGs dos abutres cinereous e perus usando outras aves de rapina como referência (águia careca, falcão peregrino e águia de cauda branca). Seis e 167 genes foram identificados como PSGs no urubu cinereous e 196 e 85 PSGs no urubu usando um modelo de galho e um modelo de galho, respectivamente (Arquivo adicional 1: Tabelas S7-S10). Para os PSGs dos urubus e urubus, também realizamos uma análise de agrupamento funcional usando a ferramenta DAVID (Arquivo adicional 1: Tabelas S11 e S12).

    Detectamos nove PSGs que foram compartilhados tanto com o urubu (Accipitridae) quanto com o urubu (Cathartidae) (Tabela 2). Entre os nove PSGs, vários genes foram associados a funções imunológicas. o AHSG gene está envolvido na endocitose, que é um processo chave que permite que as células internalizem partículas como microorganismos e células apoptóticas. A glicoproteína Alfa2-HS (AHSG) promove endocitose e possui propriedades opsônicas, por meio das quais um patógeno é marcado para ingestão e eliminado por um fagócito. Além disso, a proteína seis de morte celular programada (PDCD6), que codifica uma proteína de ligação ao cálcio necessária para a morte celular induzida por glicocorticóides, foi selecionada positivamente em ambos os abutres. Sabe-se que a interação entre PDCD6 e DAPK1 (proteína quinase 1 associada à morte) pode acelerar a morte celular por apoptose. A indução viral da apoptose ocorre quando uma ou várias células de um organismo vivo são infectadas com um vírus, e muitos vírus codificam proteínas que podem inibir a apoptose [29]. Especulamos que esses genes selecionados positivamente podem desempenhar um papel em ajudar as duas espécies de abutres a combater os patógenos encontrados em sua dieta, complementando o papel da secreção gástrica discutido anteriormente. Juntas, nossas análises de variação de escala de genoma forneceram novos alvos interessantes para investigação adicional no transcriptoma, proteoma e até mesmo níveis de epigenoma e permitirão futuros estudos experimentais para examinar conclusivamente os papéis desses genes na evolução adaptativa dessas espécies.

    Se a evolução adaptativa é episódica e afeta apenas alguns aminoácidos cruciais, a aplicação do critério PSG provavelmente resultará na omissão de genes importantes [30]. Para superar essa limitação, investigamos as alterações de aminoácidos específicas do urubu e do urubu nas vias do sistema imunológico (Fig. 1) (Arquivo adicional 1: Tabelas S13 e S14). Um total de 17 e 24 genes tiveram alterações de aminoácidos específicas para o urubu-cinzento e o urubu-peru, respectivamente. Dentre esses genes, três eram compartilhados apenas pelo urubu-cinzento e o urubu-peru (Tabela 3). O software Protein Variation Effect Analyzer (PROVEAN) previu que as substituições de aminoácidos específicas do abutre observadas em todos os três genes (PIK3AP1, TBK1, e TNFAIP3) são susceptíveis de causar alterações na função da proteína [31]. De particular interesse é a quinase-1 de ligação a TANK (TBK1), que é essencial para regular a resposta a agentes virais e microbianos e promove o desenvolvimento de um estado antiviral celular pela ativação de fatores reguladores de interferon [32] (Fig. 2). Dois dos três polimorfismos de aminoácidos específicos para abutres presentes em TBK1 foram previstos como alterando a função de alterações de aminoácidos e estão localizados no domínio semelhante à ubiquitina na superfície exposta da proteína. A saber, a cadeia lateral carregada positivamente (His) no resíduo 327 no abutre cinereous foi substituída por uma cadeia lateral não carregada (Gln), enquanto a cadeia lateral polar (Thr) no resíduo 364 no urubu foi substituída por um hidrofóbico cadeia lateral (Ala). Sabe-se que TBK1 forma vários complexos diferentes com uma variedade de moléculas de arcabouço e que a deleção ou mutação do domínio semelhante à ubiquitina em TBK1 prejudica a ativação da quinase e a fosforilação do substrato nas células [33-35]. Portanto, especulamos que as mudanças de aminoácidos neste gene podem contribuir para o aprimoramento do sistema imunológico desses abutres. Além disso, o PIK3AP1 e TNFAIP3 genes, que também contêm alterações funcionais de aminoácidos, estão envolvidos no desenvolvimento de células B, apresentação de antígenos, autoinflamação e ativação de NF-kappa B, respectivamente [36, 37].

    Alteração genética específica do abutre no sistema imunológico. Genes com mudanças de aminoácidos específicas para abutres (TNFAIP3, CARD9, TRAF6, MAP3K8, e TBK1) são mostrados em retângulos vermelhos (urubu-cinereous) e azuis (urubu-peru). Gene regulado positivamente no abutre cinereous (TAB2) é mostrado em um retângulo amarelo. Um gene selecionado positivamente (LY96) no abutre-peru é mostrado em um retângulo azul claro. A via foi traçada de acordo com a via KEGG (vias de sinalização do receptor do tipo NOD e do receptor do tipo Toll). As linhas sólidas indicam relações diretas entre enzimas e metabólitos. As linhas tracejadas indicam que mais de uma etapa está envolvida em um processo

    As posições de duas alterações de aminoácidos específicas do abutre na estrutura tridimensional de TBK1. Os domínios da quinase, do tipo ubiquitina e de andaime / dimerização são ciano, amarelo e verde, respectivamente. As posições estruturais das três mudanças de aminoácidos nos dois abutres são mostradas em vermelho

    Também investigamos as mudanças de aminoácidos específicas dos Accipitridae (abutre cinereous, águia calva e águia-de-cauda-branca) e Cathartidae (urubu) nas vias do sistema digestivo (Arquivo adicional 1: Tabela S15). Um total de oito e 10 genes foram identificados como alterações únicas de aminoácidos nos Accipitridae e Cathartidae, respectivamente. Entre esses genes, sete eram compartilhados por Accipitridae e Cathartidae (arquivo adicional 1: Tabela S16). Destes, dois genes (KCNJ16 e SLC26A7) estão envolvidos nas vias de secreção de ácido gástrico (arquivo adicional 2: Fig. S3). KCNJ16 é um canal de potássio retificador interno que regula o equilíbrio de fluidos e pH, e SLC26A7 é conhecido por desempenhar um papel importante na acidificação gástrica [38]. Entre as cinco diferenças de aminoácidos nesses genes, duas foram previstas como alteradoras de função usando Polyphen2 [39] e PROVEAN (Arquivo adicional 1: Tabela S17). Além disso, dois genes (KCNC1 e KCTD18), que estão envolvidos na atividade do canal de potássio, foram selecionados positivamente no urubu cinereo, embora não tenha sido o caso no urubu. Sabe-se que os íons potássio são necessários para a secreção de ácido gástrico [40]. Recentemente, um estudo de metagenoma de abutres mostrou que a comunidade microbiana facial era significativamente mais diversa do que a do intestino posterior, refletindo a quebra do DNA da dieta no trato gastrointestinal dos abutres e apontando para condições químicas extraordinariamente severas [41]. Tomados em conjunto, propomos que essas mudanças de aminoácidos específicas do abutre no sistema imunológico e genes associados ao ácido gástrico são evidências das defesas aprimoradas dos abutres contra infecções microbianas / virais de carcaças e são bons candidatos para estudos funcionais futuros.

    Análise de transcriptoma

    Para estender nossas inferências genômicas, construímos uma biblioteca de cDNA a partir de RNA total isolado da amostra de sangue de um segundo urubu cinéreo da mesma população. Usando uma Illumina HiSeq2500, um total de 30.118.314 leituras emparelhadas (aproximadamente 6,0 Gb de comprimento) foram produzidas, com um comprimento de leitura de 100 bp e um tamanho de inserção de 280 bp. Para reduzir o efeito dos erros de sequenciamento, 51.537.752 (85,6%, aproximadamente 5,15 Gb de comprimento) leituras foram selecionadas após filtrar leituras ambíguas e de baixa qualidade. Todos os dados filtrados do transcriptoma de leitura curta foram montados usando o Trinity de novo programa assembler [42] com um otimizado K-mer comprimento de 25. As leituras filtradas foram montadas em 423.702 contigs com um comprimento médio de 3.670 bp (N50 de 6.110 bp), e os contigs foram agrupados em 352.872 unigenes não redundantes com um comprimento médio de 3.469 bp e um N50 de 6.015 bp (arquivo adicional 1: Tabela S18).

    Para validar e anotar os 352.872 unigenes montados, procuramos no banco de dados não redundante (NR) do GenBank por homólogos de todos os unigenes montados, usando o programa BLASTx [43] com o critério E-value ≤ 1,0E-5.Um total de 241.347 (68,4%) de 352.872 unigenes eram homólogos a sequências na base de dados NR. Como esperado, a distribuição de espécies mais atingidas do BLASTx do unigene abutre foi altamente enriquecida em vertebrados, especialmente entre as espécies de aves (Arquivo adicional 2: Figs. S4 e S5). Para uma avaliação mais aprofundada das transcrições montadas, também examinamos os níveis de expressão dos unigenes de abutres montados. O número de leituras mapeadas para cada unigene anotado foi normalizado para fragmentos por quilobase de transcrição por milhão de fragmentos mapeados (FPKM). Um total de 170.990 unigenes foi determinado para ser expresso (FPKM & gt0) desses, 73.984 unigenes puderam ser anotados funcionalmente por correspondência com sequências nos bancos de dados. Por fim, 33.302 unigenes funcionalmente anotados e altamente expressos (FPKM ≥1,0) foram selecionados e usados ​​na análise do transcriptoma.

    Um total de 29.774 dos 33.302 unigenes foram funcionalmente agrupados em 52 subcategorias sob três ontologias não mutuamente exclusivas (componentes celulares, funções moleculares e processo biológico) usando WEGO [44] (arquivo adicional 2: Fig. S6): 27.632 foram atribuídos a componentes celulares, 25.572 a funções moleculares e 25.145 a processos biológicos (Arquivo adicional 1: Tabela S19). Dos componentes celulares, a maioria dos unigenes foram classificados como componentes de células (ou partes de células), com apenas uma pequena porção classificada como componentes de vírions (ou partes de vírions). É importante ressaltar que um número considerável de unigenes foi atribuído a processos do sistema imunológico (2.305 unigenes, 7,7%) e respostas a subcategorias de estímulo (5.425 unigenes, 18,2%) que poderiam ser ligadas às defesas imunológicas dos abutres. Os números são maiores do que aqueles encontrados no transcriptoma de linfócitos sanguíneos do ganso chinês (Cygnoides de Anser) [45], que são 0,3% e 2,8% para os processos do sistema imunológico e as respostas aos estímulos, respectivamente. Também analisamos os unigenes anotados usando o servidor de anotações automáticas KEGG (KAAS) [46]. Obtivemos anotações baseadas na ortologia KEGG para os urubus unigenes de humanos, galinhas, perus e tentilhões-zebra. Um total de 327 vias KEGG foram identificadas nos urubus unigenes. Os unigenes abutres foram mais representados em vias metabólicas (649 unigenes), biossíntese de metabólitos secundários (162 unigenes) e vias em câncer (153 unigenes) (Arquivo adicional 1: Tabela S20), que mostrou um padrão semelhante encontrado em um transcriptoma de pulmão de corvo [47] (três principais vias super-representadas: vias metabólicas, vias no câncer e via de sinalização PI3K-Akt).

    Os receptores Toll-like (TLRs), juntamente com a família de genes do receptor de interleucina-1 tipo 1 (IL-1R), reconhecem os componentes do patógeno e desencadeiam uma cascata de sinalização por meio do recrutamento de diferentes combinações de receptor toll / interleucina (TIR) ​​- domínio contendo proteínas adaptadoras [48]. TLRs são essenciais no reconhecimento de patógenos [49], e um estudo anterior relatou que TLR1 no abutre Griffon (Gyps fulvus), um abutre do Velho Mundo, tem uma estrutura de gene única (com relação ao comprimento do ectodomínio, número e posição de motivos de repetição ricos em leucina [LRRs], e N-sítios de glicosilação) em relação a genes ortólogos de outros organismos [9]. Esses recursos têm possíveis implicações funcionais e confirmamos que o TLR1 unigene do urubu cinereous tem motivos LRR idênticos e N-locais de glicosilação (arquivo adicional 2: Fig. S7).

    Além disso, comparamos os níveis de expressão gênica do abutre cinereous aos dos linfócitos sanguíneos de um ganso chinês e do sangue de quatro siskins euro-asiáticos (Spinus spinus) [50] (Arquivo adicional 1: Tabela S21). Examinamos os níveis de expressão de genes associados ao sistema imunológico e identificamos genes expressos diferencialmente que satisfazem o log2 fold-change de pelo menos 2,0 e FDR menor ou igual a 0,1. Um total de quatro genes associados ao sistema imunológico (TAB2, STAT3, CYLD, e NFYA) foram significativamente altamente expressos no abutre cinereous, em comparação com os outros (Arquivo adicional 1: Tabela S22). A proteína TAB2 é um mediador da ativação de TAK1 na via de transdução de sinalização da interleucina-1. A expressão de TAB2 induz a ativação de JNK (c-Jun N-terminal quinase) e NF-kappaB, que regulam positivamente a expressão de muitos genes pró-inflamatórios [51]. A proteína CYLD desempenha um papel importante na regulação das vias que levam à ativação do NF-kappaB [52]. Além disso, sabe-se que STAT3 medeia respostas celulares a interleucinas e fatores de crescimento, e STAT3 medeia a expressão de uma variedade de genes em resposta a estímulos celulares e, portanto, desempenha um papel fundamental na apoptose.

    Diversidade genética e história populacional

    A história demográfica de uma espécie pode ser reconstruída a partir de genomas profundamente sequenciados [53]. Primeiro calculamos o nível da diversidade genômica do abutre cinereous medindo a taxa de SNVs heterozigotos encontrados no genoma. A diversidade genômica encontrada foi 0,00132, que é comparável à diversidade observada no urubu (0,00148) e muito maior do que a dos humanos (0,00069) [54] e da águia americana (0,00053). Também inferimos a história demográfica do urubu cinereoso usando o modelo coalescente sequencialmente Markoviano (PSMC) [55] (Fig. 3). Entre 1.000.000 e 200.000 anos atrás, o abutre cinereous e a águia-careca mostraram tamanhos populacionais efetivos semelhantes. No entanto, durante o final do Pleistoceno (aproximadamente 110.000 a 12.000 anos atrás), o tamanho efetivo da população de cinereous flutuou acentuadamente, enquanto a águia-careca e o abutre-peru eram relativamente estáveis. Em particular, a população de abutres cinereous experimentou um forte gargalo entre 110.000 e 70.000 anos atrás, enquanto a águia-careca e o abutre-peru mostraram tamanhos populacionais relativamente estáveis ​​e crescentes, respectivamente.


    Leitura adicional

    Existem inúmeras referências espalhadas por todo este site, a maioria específicas para tópicos particulares. Nesta página, você encontrará várias referências gerais, com uma breve descrição de cada uma.

    Fotografias de briófitas australianas

    Esses livros contêm fotografias coloridas de briófitas encontradas no sudeste da Austrália, principalmente em áreas não áridas. Você também encontrará fotografias coloridas em alguns dos guias de identificação listados na próxima seção.

    Jarman, SJ & amp Fuhrer, BA. (1995), Musgos e hepáticas da floresta tropical na Tasmânia e no sudeste da Austrália. Forestry Tasmania, CSIRO & amp ABRS. (Numerosas fotografias coloridas excelentes de briófitas de floresta úmida.)

    Meagher, D & amp Fuhrer, B. (2003). Um guia de campo para os musgos e plantas aliadas do sul da Austrália. ABRS, Canberra & amp FNCV, Melbourne. (Descrições de características macroscópicas e microscópicas e fotos coloridas de muitas briófitas do sudeste australiano.)

    Guias de identificação para briófitas australianas

    Para a maioria das briófitas, as fotografias das plantas não são suficientes para identificar um espécime por espécie. Você precisará fazer algum trabalho de microscópio e usar uma chave de identificação que usa alguns dos recursos microscópicos. Todas as referências listadas nesta seção contêm tais chaves de identificação. Se você não está familiarizado com os termos briológicos, então o livro de Bill & amp Nancy Malcolm & rsquos, Musgos e outras briófitas: um glossário ilustrado (segunda edição publicada em 2006 pela Micro-Optics Press, Nelson, NZ) é um livro muito útil para se ter. Ele contém várias fotografias coloridas que ilustram os termos.

    Allison, KW & amp Child, J. (1975). The Liverworts of New Zealand. University of Otago Press, Dunedin. (Um guia de identificação, com muitos diagramas P / B e, apesar do título, útil na Austrália.)

    Beever, J Allison, KW & amp Child, J. (1992). Os musgos da Nova Zelândia (2ª ed.). University of Otago Press, Dunedin. (Um guia de identificação, com muitos diagramas e fotos coloridas. Embora seja um livro da Nova Zelândia, é muito útil na Austrália.)

    Buck, WR Vitt, DH & amp Malcolm, WM. (2002). Chave para os gêneros de musgos australianos. ABRS, Canberra. (O título diz tudo. Para quem gosta de musgo sério. Existem inúmeras fotografias coloridas)

    Cairns, A. (2007). Introdução às briófitas da floresta tropical, pp 189-226 em Jackes, B.R. Plantas da floresta tropical aos trópicos: um guia de identificação, James Cook University, Townsville, 2007 (2ª ed.) (Uma chave de identificação, principalmente para gêneros, de briófitas da floresta tropical. Existem também fotografias em preto e branco e desenhos de características de briófitas, bem como um bom texto introdutório com alguns elementos essenciais fatos sobre briófitas.)

    Catcheside, DG. (1980). Musgos do Sul da Austrália. Governo da Austrália do Sul, Adelaide. (Descrições técnicas e essenciais para pessoas sérias sobre musgos nas áreas secas da Austrália.)

    Eldridge, DJ e amp Tozer, ME. (1997). Um guia prático para líquenes e briófitas do solo da Austrália e do país seco, Departamento de Conservação de Terra e Água, Sydney. (Um relato semi-popular da ecologia das espécies no semi-árido da Austrália. Muitas fotografias coloridas e uma chave para as espécies mais comuns nas áreas secas. Os líquenes e briófitas do semi-árido da Austrália estão normalmente ausentes dos guias de campo. )

    Engel, JJ & amp Glenny, D. (2008). A Flora of the Liverworts and Hornworts of New Zealand. Volume 1. Missouri Botanical Garden Press, St. Louis. (Um trabalho técnico soberbamente detalhado que, apesar do título, é muito útil na Austrália. O livro contém descrições detalhadas, vários desenhos em preto e branco e 16 páginas de fotos coloridas. Este é também o volume 110 da série Monographs in Systematic Botany from o Jardim Botânico de Missouri.)

    Glenny, D & amp Malcolm, B. (2005). Chave para os gêneros hepático australiano e do gênero Hornwort. ABRS, Canberra e CBIT, Brisbane. (Este CD contém um guia de identificação interativo para o nível genérico, usando o software Lucid, mas pode ser apreciado apenas por suas ilustrações.)

    McCarthy, PM (ed.) (2006). Flora of Australia, Volume 51 (Mosses 1). ABRS & amp CSIRO, Canberra. (Um guia de identificação técnica & ndash o primeiro de vários volumes a ser dedicado aos musgos. No início do livro, há uma seção que dá uma introdução geral aos musgos e à história de seu estudo na Austrália.)

    Scott, GAM. (1985). Liverworts australianos do sul. Serviço de Publicação do Governo Australiano, Canberra. (Um guia de identificação escrito para pessoas sérias sobre as hepáticas australianas.)

    Scott, GAM e Stone, IG. (1976). Os musgos do sul da Austrália. Academic Press, Londres. (Um guia de identificação escrito para pessoas sérias sobre os musgos australianos. Numerosos desenhos em P / B de características macroscópicas e microscópicas.)

    Livros - Outros

    Brightman, FH & amp Nicholson, BE. (1979). O livro de Oxford de plantas sem flores(Corr. Repr.). Oxford University Press, Oxford. (Pinturas e breves descrições de vários criptogramas.)

    Crum, H. (2001). Diversidade estrutural de briófitas. Herbário da Universidade de Michigan, Michigan. (Discussão detalhada e vários diagramas da estrutura da briófita.)

    Glime, J & amp Saxena, D. (1991). Usos de briófitas. Today & amp Tomorrow & rsquos Printers & amp Publishers, New Delhi. (Um levantamento de muitas das funções ecológicas das briófitas e também das maneiras como os humanos as usaram.)

    Gradstein, SR Churchill, SP e Salazar-Allen, N (2001). Guia para briófitas da América Tropical. New York Botanical Garden Press, Nova York. (Existem inúmeros diagramas bons neste livro de quase 600 páginas. É um livro técnico, com chaves de identificação até o nível de gênero & ndash e uma descrição das características de cada gênero. A maioria dos gêneros também são encontrados nos não-americanos trópicos, portanto, o livro é útil em outras áreas tropicais. Este livro constitui o Volume 86 do Memórias do Jardim Botânico de Nova York.)

    Hallingb & aumlck, T & amp Hodgetts, N. (compiladores). (2000). Mosses, Liverworts e Hornworts. Levantamento de status e plano de ação de conservação para briófitas. Grupo de Especialistas em Briófitas da IUCN / SSC, IUCN, Gland, Suíça e Cambridge, Reino Unido. (Um levantamento mundial das ameaças às briófitas e um relato dos planos de conservação.)

    Jewell, AJ. (1964). O livro de musgos e hepáticas do Observer . Frederick Warne & amp Co. Ltd, Londres. (Contém diagramas, breves descrições de espécies e fotos coloridas de várias espécies britânicas, algumas das quais ocorrem na Austrália. Um livro útil para obter alguma exposição à variedade de briófitas e suas estruturas.)

    Malcolm, B & amp N. (1989). floresta Tapete . Craig Potton, Nelson, NZ. (Numerosas fotografias coloridas excelentes e vários fatos sobre a ecologia, estrutura e biologia do criptograma.)

    Malcolm, B & amp N. (2006). Musgos e outras briófitas: um glossário ilustrado,segunda edição. Micro-Optics Press, Nelson, NZ. (Um glossário de termos técnicos briológicos profusamente e soberbamente ilustrado.)

    Parihar, NS. (1965). Uma introdução ao Embryophyta. Volume 1. Bryophyta. Central Book Depot, Allahabad, Índia. (Este livro apresenta diagramas e texto sobre gametófitos, esporófitos e história do desenvolvimento de muitas espécies de briófitas. É uma mina de ouro de informações e com abundantes referências a literatura futura.)

    Porley, R. (2008). Briófitas Aráveis. Wildguides, Old Basing. (Um guia de campo para briófitas de terras cultivadas na Grã-Bretanha e na Irlanda. Numerosas fotografias e muitas informações estão reunidas em um tamanho prático. Há coisas suficientes neste livro para interessar o aguçado briologista australiano.)

    Porley, R & amp Hodgetts, N. (2005). Musgos e hepáticas. Collins, Londres. (Os primeiros capítulos fornecem uma boa introdução geral às briófitas. A maior parte do livro é dedicada a relatos detalhados das briófitas encontradas em diferentes habitats do Reino Unido, portanto, há muitos detalhes específicos que não são relevantes para a Austrália. No entanto, esses capítulos de habitat fornecem muitas informações interessantes sobre o comportamento das briófitas e valem a pena ser lidos por qualquer pessoa que deseje obter uma boa compreensão sobre as briófitas.)

    Richards, P. (1950). Um livro de musgos. Penguin Books, Londres. (Um texto introdutório e 16 placas de cores requintadas, reproduzidas de uma monografia de 1787-97 por Johann Hedwig, um briologista pioneiro.)

    Richardson, DHS. (1981). A Biologia dos Musgos. Blackwell Scientific Publications, Oxford. (Um pouco antigo, mas ainda muito útil e direcionado a um público mais geral do que a referência de Shaw & amp Goffinet fornecida abaixo.)

    Schofield, WB. (1985). Introdução à Briologia. Macmillan, Nova York. (Gboa introdução à classificação, estrutura, biologia e geografia.)

    Scott, GAM Entwistle, T May, T & amp Stevens N. (1997). Uma visão geral da conservação dos líquenes não marinhos australianos, briófitas, algas e fungos . Vida Selvagem Austrália, Canberra. (O título diz tudo.)

    Shaw, AJ & amp Goffinet, B. (eds). (2000). Biologia Briófita. Cambridge University Press, Cambridge. (Vários artigos que fornecem revisões confiáveis ​​de muitos aspectos do assunto. Veja também a referência de Richardson fornecida acima.)

    Então, ML. (1995). Musgos e Hepáticas de Hong Kong. Heavenly People Depot, Hong Kong. (Descrições e boas fotos coloridas de muitas espécies. Algumas dessas espécies podem ser encontradas em partes da Austrália tropical e há poucas fotos publicadas de briófitas tropicais australianas. Algumas também são encontradas na Austrália temperada. Veja abaixo a sequência de Zhu & amp Então.)

    Watson, EV. (1971). A Estrutura e Vida dos Briófitos. Hutchinson, Londres. (Uma descrição da estrutura, biologia, ecologia e geografia da briófita. Numerosos diagramas P / B. Menos técnicos do que a referência de Shaw & amp Goffinet fornecida acima.)

    Zhu, RL & amp So, ML. (1996). Musgos e Hepáticas de Hong Kong. Volume 2. Heavenly People Depot, Hong Kong. (Veja os comentários anteriores sobre o primeiro volume, apenas por So.)


    Resultados

    Mitf A haploinsuficiência está associada a uma regulação positiva de uma assinatura de expressão gênica regulada por IFN tipo I em McSCs e melanoblastos

    A fim de avaliar os efeitos de Mitf mi-vga9 / + na expressão gênica in vivo, os McSCs foram isolados da derme de camundongos adultos com 8 semanas de idade. Neste ponto, os fios de cabelo do corpo do mouse são sincronizados no estágio de telógeno do cabelo [27]. Durante o telógeno, o folículo piloso não tem um bulbo capilar ou melanócitos diferenciados, e os McSCs são as únicas células melanocíticas presentes no cabelo. Eles podem ser identificados por sua expressão da enzima melanogênica dopachrome tautomerase (DCT) e do receptor transmembrana KIT, e são observados na protuberância do cabelo (a região superior do cabelo em estágio telógeno que fica no ponto de inserção do pêlo arretor músculo) e germe capilar secundário (a região inferior do cabelo em estágio telógeno mais próxima da papila dérmica Fig 2A) A fim de isolar esses McSCs de cabelos telógenos, a derme de Mitf mi-vga9 / + e os camundongos de tipo selvagem foram dissociados e imunologicamente marcados com dois marcadores de superfície celular, KIT e cluster de diferenciação 45 (CD45). A classificação de células ativadas por fluorescência (FACS) foi então usada para distinguir McSCs (KIT + / CD45−) de mastócitos (KIT + / CD45 + Fig 2B) Quando avaliado in vitro 1, 3 ou 5 dias após a classificação, mais de 92% da população de células KIT + / CD45− expressa a proteína melanocítica DCT e começa a produzir pigmento em 5 dias (Fig 2C e 2D) Além disso, porque o MITF é um regulador transcricional conhecido do Kit gene [20,28], comparamos as porcentagens da população dentro de cada porta FACS entre o tipo selvagem e Mitf mi-vga9 / + suspensões de células dérmicas. Nenhuma diferença significativa é observada na porcentagem de células dérmicas KIT + / CD45− entre o tipo selvagem e Mitf mi-vga9 / + animais, sugerindo que o Mitf mi-vga9 a mutação não altera a capacidade desta estratégia FACS de identificar a população McSC (Fig 2E) Isso sugere que essa estratégia de classificação é adequada para produzir um pool altamente enriquecido de McSCs para análise transcriptômica.RNA isolado das populações KIT + / CD45− McSC obtidas da derme de tipo selvagem e Mitf mi-vga9 / + os camundongos foram então submetidos ao sequenciamento de RNA (RNA-seq).

    (UMA) Marcação imunológica para proteína KIT em pele de camundongo com 8 semanas de idade. Neste ponto, a maioria dos cabelos existe no estágio telógeno do cabelo, e McSCs que são positivos para KIT (verde) e DCT (vermelho) são observados na protuberância do cabelo (seta) e germe capilar secundário (pontas de seta). As linhas brancas pontilhadas contornam os folículos pilosos. (B) FACS de células dérmicas de camundongos de 8 semanas de idade produz duas populações KIT +. McSCs são CD45− e os mastócitos são CD45 +. A estratégia de passagem FACS (gráfico de fluorescência central) usada para isolar McSCs separa com sucesso cada um desses tipos de células e é confirmada pela visualização de suas morfologias distintas. McSCs são pequenos e frequentemente bipolares (imagens da fase esquerda), enquanto os mastócitos são grandes e de aparência áspera (direita imagem de fase). (C) As células KIT + / CD45− isoladas por FACS foram colocadas em cultura e avaliadas quanto à sua expressão de KIT e DCT por imunomarcação ao longo de um período de 5 dias. As células totais foram identificadas pelo marcador nuclear DAPI. A tabela mostra a porcentagem e o número total (entre parênteses) de células que exibem o padrão de coloração indicado. Este protocolo FACS produz uma população McSC relativamente pura, com & gt92% das células sendo DCT + 1 dia após a classificação. (D) KIT + / CD45− McSCs isolados por FACS permanecem positivos para os marcadores de melanócitos KIT (verde) e DCT (vermelho) e exibem características semelhantes a melanócitos durante a cultura de tecidos. Estas células progridem de redondas em 1 dia, para ligeiramente espalhadas em 3 dias, para dendríticas e pigmentadas ao longo de 5 dias. (E) A avaliação das portas indicadas (caixas) nos gráficos de fluorescência FACS confirma que não há diferença significativa por t teste ao comparar a porcentagem de cada população de células entre tipo selvagem (gráfico à esquerda) e Mitf mi-vga9 / + (gráfico à direita) suspensões de células dérmicas (KIT + / CD45−, p = 0,85 KIT + / CD45 +, p = 0,14 KIT− / CD45 +, p = 0,28). As porcentagens são representadas como a média ± desvio padrão, com n = 3 classificações por genótipo. Os dados brutos usados ​​para gerar esses gráficos estão disponíveis em Dados S1. APC, aloficocianina CD45, cluster de diferenciação 45 DCT, dopachrome tautomerase FACS, classificação de células ativadas por fluorescência FITC, fluoresceína McSC, célula-tronco de melanócitos Mitf, fator de transcrição associado à melanogênese Neg, PIG negativo, pigmento.

    Usando um corte de 1,5 vezes, análise de expressão de gene diferencial das leituras de RNA-seq obtidas a partir de Mitf mi-vga9 / + e McSCs de tipo selvagem demonstraram que, como esperado, Mitf mi-vga9 / + Os McSCs exibem a expressão reduzida de genes relacionados à pigmentação conhecidos por serem regulados positivamente pelo MITF (Dados S2) Isso inclui Dct, Gpnmb, Gpr143, Irf4, Kit, Mlana, Conheceu, Rab27a, Slc45a2, Tbx2, e Tyr. No entanto, esta análise também revelou um enriquecimento imprevisto de DEGs regulados positivamente em Mitf mi-vga9 / + McSCs que estão envolvidos na imunidade inata (Dados S2) Dos 411 genes com uma regulação para cima superior a 1,5 vezes em Mitf mi-vga9 / + células, pelo menos 55 são conhecidas por seu envolvimento na sinalização imune inata tipo I (DAVID Functional Annotation Tool [29,30] e interferome.org [31]). Estes incluem receptores de reconhecimento de padrão citoplasmático (PRRs Ddx58, Ifih1), reguladores transcricionais (Irf7, Stat1), e genes estimulados por IFN (ISGs) que executam a resposta antiviral (Ifit1, Ifit3, Isg15, Mx1, Oas1a Fig 3A, Dados S3) A regulação positiva deste subconjunto particular de genes é conhecida como “assinatura IFN” e está frequentemente associada a infecções virais e doenças autoimunes [32]. Para descartar a possibilidade de que esta assinatura ISG tenha sido devido a uma infecção microbiana de nosso Mitf mi-vga9 no momento em que os McSCs foram colhidos para FACS, avaliamos a expressão de ISG por reação em cadeia da polimerase de transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR) em peles obtidas de camundongos no dia pós-natal 32 (P32) que foram alojados em uma instalação não relacionada e que foram geneticamente isolado de nosso Mitf mi-vga9 linha por várias gerações. Consistente com nossos dados de RNA-seq, skins destes Mitf mi-vga9 / + camundongos mostram uma regulação clara dos cinco ISGs avaliados, Ifih1, Ifit3, Irf7, Isg15, e Stat1, em comparação com animais que não carregam esta mutação (S1 Fig).

    (UMA) Mapa de calor de valores de contagem de leitura escalonados e agrupados, transformados por rlog obtidos a partir da análise de RNA-seq de Mitf mi-vga9 / + e McSCs de tipo selvagem. Cinquenta e cinco dos quatrocentos onze genes que demonstraram um aumento estatisticamente significativo, maior do que 1,5 vezes na expressão em Mitf mi-vga9 / + McSCs sobre McSCs de tipo selvagem participam da sinalização imune inata e são apresentados aqui (p ajustado & lt 0,05, Benjamini-Hochberg ajustado p-valor). (B) Marcação imunológica para proteína KIT em pele de camundongo em P1.5. Neste ponto, os melanoblastos KIT + (verde), DCT + (vermelho) migram para os folículos pilosos em desenvolvimento. As linhas brancas pontilhadas contornam os folículos pilosos e a linha contínua indica a posição da epiderme. (C) análise qRT-PCR de Mitf e expressão ISG (Ifih1, Ifit3, Irf7, Isg15, e Stat1) em melanoblastos primários isolados de Mitf mi-vga9 / + e filhotes de ninhada de tipo selvagem em P1.5. Cada círculo indica a expressão de células de uma linha celular de melanoblastos primária individual gerada a partir de um filhote individual. As barras horizontais representam a média e os asteriscos indicam mudanças na expressão do gene com um q-valor de & lt0,05 usando o procedimento de escalonamento linear de dois estágios de Benjamini, Krieger e Yekutieli, com Q = 5%. (D) Análise de qRT-PCR da expressão do gene do interferon tipo I (Ifna4 e Ifnb1) em linhas de células de melanoblastos primários (isoladas como descrito em [C]). As linhas celulares de melanoblastos foram tratadas durante 9 horas apenas com lipofectamina (apenas lipo) ou lipofectamina e poli (I: C) (lipo + poli (I: C)). As barras horizontais representam a média e os asteriscos indicam mudanças na expressão do gene com um q-valor de & lt0,05 usando o procedimento de escalonamento linear de dois estágios de Benjamini, Krieger e Yekutieli, com Q = 5%. Os dados apresentados aqui são representativos de duas experiências independentes que testam o tratamento com poli (I: C) de linhas de células de melanoblastos primários em duas passagens celulares diferentes. Os dados brutos usados ​​para gerar os gráficos em (C) e (D) estão disponíveis em S1 Data. DCT, dopacromo tautomerase ISG, gene estimulado por IFN lipo + poly (I: C), lipofectamina e poli (I: C) lipo apenas, apenas lipofectamina Mitf, fator de transcrição associado à melanogênese McSC, célula-tronco de melanócitos P, qRT-PCR do dia pós-natal, reação em cadeia da polimerase de transcriptase reversa quantitativa seq de RNA, sequenciamento de RNA.

    A sinalização imune inata tipo I é composta por uma cascata de sinalização de duas partes. Em primeiro lugar, em uma célula infectada, o DNA ou RNA viral é reconhecido por PRRs e a sinalização a jusante resulta na fosforilação de fatores reguladores de interferon (IRFs). IRFs ativos entram no núcleo e regulam positivamente transcricionalmente os genes IFN tipo I para produzir as quimiocinas IFN-α e -β. Via sinalização autócrina e parácrina, os IFNs se ligam aos receptores de IFN e ativam uma segunda cascata de sinalização que resulta em um programa ISG amplo e robusto. Esses ISGs medeiam a resposta antiviral tanto nas células infectadas quanto nas vizinhas [33-36]. Com base nisso, concluímos que Mitf mi-vga9 / + McSCs devem regular mais facilmente Ifn expressão gênica em resposta ao vírus em comparação com McSCs de tipo selvagem se a assinatura de IFN estiver associada com Mitf mi-vga9 é realmente genuíno. Para testar isso, a infecção viral pode ser imitada pela entrega de dsRNA sintético no citoplasma da célula por meio de transfecção à base de lipofectamina. Polinossínico: o ácido policitidílico (poli (I: C)) é um tipo de dsRNA, um agonista do PRR citoplasmático, gene 5 associado à diferenciação do melanoma (MDA5, codificado pelo Ifih1 gene), e é suficiente para mediar respostas de IFN tipo I in vitro e in vivo [37].

    As técnicas para expandir McSCs em cultura para análise in vitro não estão bem estabelecidas, então, em vez disso, avaliamos os melanoblastos primários quanto à sua resposta à mímica viral. Os melanoblastos primários referem-se aos precursores de melanócitos altamente proliferativos, KIT +, que invadem o folículo capilar em desenvolvimento e dão origem a McSCs ou melanócitos diferenciados durante a morfogênese capilar perinatal (Fig 3B) Usando a mesma estratégia FACS apresentada acima (Fig 2B), Os melanoblastos primários KIT + / CD45− podem ser isolados de toda a pele dos filhotes em P1.5 e passados ​​prontamente em cultura de tecidos. Comparando células isoladas de tipo selvagem e Mitf mi-vga9 / + irmãos, primeiro confirmamos que Mitf mi-vga9 / + os melanoblastos exibem uma assinatura IFN semelhante aos McSCs adultos. Por qRT-PCR, avaliamos os ISGs Ifih1, Ifit3, Irf7, Isg15, e Stat1 e demonstrou que Mitf mi-vga9 / + melanoblastos mostram uma regulação positiva significativa de vários desses ISGs, a saber Ifih1, Ifit3, Irf7, e Isg15 (Fig 3C) Apesar desta assinatura de IFN, basal Ifn expressão gênica em Mitf mi-vga9 / + e os melanoblastos de tipo selvagem são equivalentes e quase indetectáveis ​​(Fig 3D, apenas lipo). No entanto, a transfecção transitória desses melanoblastos com poli (I: C) induz a expressão de Ifna4 e Ifnb1 em ambos os tipos de células, com Mitf mi-vga9 / + melanoblastos expressando 2 a 3 vezes mais Ifn Níveis de mRNA do que melanoblastos de tipo selvagem (Fig 3D, lipo + poli (I: C)). A expressão de ISG em melanoblastos perinatais demonstra que a assinatura de IFN observada em Mitf mi-vga9 / + os animais não são exclusivos do McSC ou do ponto de tempo adulto. A similaridade em basal Ifn expressão entre tipo selvagem e Mitf mi-vga9 / + melanoblastos também sugere que a assinatura de IFN observada em Mitf mi-vga9 / + os melanoblastos não se devem à produção constante de IFN pelos melanoblastos. Além disso, o aprimorado Ifn expressão exibida por Mitf mi-vga9 / + melanoblastos após a exposição a mímica viral sugere que haploinsuficiência para Mitf prepara esses melanoblastos para a resposta antiviral.

    MITF se liga ao promotor de vários ISGs e reprime transcricionalmente a expressão de ISG in vitro

    O MITF é um fator de transcrição que promove a regulação direta e indireta de vários genes essenciais para o desenvolvimento, diferenciação, proliferação e sobrevivência dos melanócitos [38]. Assim, investigamos se a assinatura IFN observada em Mitf mi-vga9 / + McSCs e melanoblastos podem ser dependentes do papel do MITF como um fator de transcrição. Para determinar se a redução de Mitf é suficiente para levar a uma mudança direta na expressão de ISG autônomo ao melanócito, nós derrubamos Mitf na linha de células de melanócitos de camundongo imortalizada melan-a usando uma abordagem de pequeno RNA de interferência (siRNA). A entrega intracelular de siRNAs pode desencadear uma resposta imune inata inespecífica que pode ser mitigada pela incorporação de 2′-O-metil-uridina ou nucleosídeos de guanosina em pelo menos uma fita do duplex de siRNA [39]. Assim, geramos dois siRNAs - um siRNA padrão contra Mitf (siMitf [40]) e um modificado Mitf siRNA com uma sequência idêntica, mas sintetizado para incluir três 2′-Ogrupos -metil ao longo de cada fita de siRNA (siMitf-OM) Em linha com a repressão MITF da expressão ISG, knockdown de Mitf com qualquer um siMitf ou siMitf-OM leva a uma regulamentação robusta dos ISGs Ifih1, Ifit3, Irf7, Isg15, e Stat1 dentro de 48 horas de transfecção em comparação com um controle de siRNA codificado (siMitf-scram Fig 4A) Esses dados suportam a premissa de que a assinatura IFN observada em Mitf mi-vga9 / + camundongos pode ser devido à regulação gênica mediada por MITF de ISGs.

    (A, B) Expressão relativa do gene em células melan-a 48 horas após a transfecção com siRNA. No (UMA), as células foram transfectadas com siRNAs direcionados Mitf (siMitf e siMitf-OM) ou um siRNA de controle codificado análogo (siMitf-scram) No (B), as células foram transfectadas com um de dois siRNAs direcionados Irf4 (siIrf4_a, siIrf4_b) ou siNC1. As barras representam a média ± desvio padrão, e os asteriscos indicam mudanças na expressão do gene com um q-valor de & lt0,05 usando o procedimento de escalonamento linear de dois estágios de Benjamini, Krieger e Yekutieli, com Q = 5%. Os dados apresentados em A e B são representativos de dois experimentos de knockdown independentes realizados em células melan-a em duas passagens celulares diferentes. (C) Diagramas de Venn demonstrando a interseção de listas de genes. O diagrama da esquerda representa os genes que exibem uma diferença de 1,5 vezes ou mais na expressão em Mitf mi-vga9 / + sobre McSCs de tipo selvagem (Mitf mi-vga9 / + DEGs, círculo superior) sobrepostos à lista de genes associados aos picos de MITF ChIP-seq relatados por Webster et al. 2014 (genes MITF ChIP-seq, círculo inferior) [41] e são considerados alvos diretos potenciais do MITF. Esses 108 alvos diretos são fornecidos em Dados S4. Genes alvos diretos foram ainda identificados comparando-os com uma lista de genes de pigmentação conhecidos no diagrama superior direito e com a lista de 55 genes relacionados à imunidade inata regulados positivamente em Mitf mi-vga9 / + McSCs (conforme definido na Fig 3A) no diagrama inferior direito. (D) MITF ChIP-qPCR realizado em células melan-a e testado para enriquecimento nos loci gênicos indicados (Dct, Ifih1, Ifit3, Stat1) Uma sequência centromérica de DNA foi amplificada como um controle negativo (neg con). As barras de erro indicam a média ± desvio padrão de dois pulldowns ChIP independentes. Os dados brutos usados ​​para gerar os gráficos em (A), (B) e (D) estão disponíveis em Dados S1. Actb, ChIP de actina beta, imunoprecipitação da cromatina ChIP-qPCR, imunoprecipitação da cromatina reação em cadeia da polimerase quantitativa ChIP-seq, sequenciamento de imunoprecipitação da cromatina DEG, gene expresso diferencialmente IgG, imunoglobulina G McSC, célula-tronco de melanócitos MITF, fator de transcrição associado à melanogênese negativo con, controle negativo siNC1, siRNA de controle de não direcionamento siRNA, RNA de interferência pequeno.

    Entre os genes diferencialmente expressos em Mitf mi-vga9 / + McSCs, estávamos particularmente interessados ​​no fator regulatório 4 do IFN, Irf4. Em melanócitos humanos, o MITF se liga e ativa Irf4 por meio de um intensificador intrônico [42] e, por sua vez, IRF4 pode regular transcricionalmente a sinalização de IFN, reprimindo o fator regulador principal para a expressão do gene IFN, Irf7 [43,44]. Um estudo de associação de todo o genoma de latino-americanos também identificou Irf4 como um locus associado ao envelhecimento do cabelo [45]. Porque Irf4 e Irf7 exibem uma relação recíproca em Mitf mi-vga9 / + McSCs (Irf4 está para baixo e Irf7 é acima Dados S2), perguntamos se Irf4 pode ser indiretamente responsável pela regulamentação dos ISGs em Mitf mi-vga9 / + melanócitos. No entanto, dentro do prazo de 48 horas, isso é suficiente para Mitf derrubada para resultar em regulação para cima do ISG, não observamos regulação para baixo consistente de Irf4 entre os dois Mitf siRNAs (Fig 4A) Como controle, confirmamos ainda que as células sendo tratadas com qualquer siMitf ou siMitf-OM resulta na regulação negativa previsível do gene melanossomal Pmel17, que MITF é conhecido por ativar transcricionalmente (Fig 4A [46]). Com base nessas observações, antecipamos que a regulação positiva dos ISGs observada com Mitf knockdown não pode ser dependente de IRF4. Na verdade, usando dois únicos Irf4 siRNAs (siIrf4_a e siIrf4_b), Irf4 a expressão do gene pode ser significativamente reduzida em comparação com um siRNA de controle negativo (siNC1) No entanto, ao considerar os resultados de ambos Irf4 siRNAs, Irf4 o knockdown não leva ao up-Regulation consistente ou Irf7 ou qualquer um dos outros ISGs analisados ​​(Fig 4B) Em conjunto, estes resultados suportam um novo papel para MITF na supressão da assinatura de IFN basal em melanócitos in vitro e indicam que MITF não medeia esta resposta através de Irf4.

    Um mecanismo alternativo pelo qual o MITF pode participar na regulação dos genes do sistema imunológico inato é por meio de uma interação direta com seus cis- regiões reguladoras, como é o caso de muitos genes de pigmentação [46-49]. Para investigar isso, nós rastreamos um conjunto de dados de sequenciamento de imunoprecipitação de cromação MITF publicado anteriormente (ChIP-seq) para ligação de MITF a regiões regulatórias de genes imunes inatos [41]. As coordenadas genômicas dos picos de MITF ChIP-seq encontrados em melanócitos primários humanos e células de melanoma COLO829, relatadas em Webster et al. 2014 [41], foram convertidos da construção do genoma GRCh37 / hg19 para NCBI37 / mm9 (Galaxy Liftover), e os genes alvo putativos foram identificados usando GREAT, versão 3.0.0 [50]. Para o conjunto de genes que exibem picos de MITF ChIP-seq dentro de 5 kb de seu local de início da transcrição em qualquer direção (6.771), encontramos 108 genes que também são expressos diferencialmente por mais de 1,5 vezes em Mitf mi-vga9 / + McSCs (Fig 4C, Dados S4) Esta sobreposição é menos enriquecida em 1,22 vezes em comparação com as expectativas (teste hipergeométrico p-valor = 0,0065), sugerindo que a maioria das alterações de expressão gênica observada em Mitf mi-vga9 / + McSCs são indiretos. Assim, cruzamos ainda os 108 DEGs com duas listas de genes adicionais - uma compreendendo genes relatados como envolvidos na pigmentação (com curadoria de Online Mendelian Inheritiance in Man, Mouse Genome Informatics e Gene Set Enrichment Analysis) e a segunda compreendendo os 55 ISGs identificados acima na Fig 3A. Esta comparação valida que, como esperado, alguns DEGs em Mitf mi-vga9 / + McSCs representam alvos MITF conhecidos envolvidos na pigmentação, mas também revelam uma série de genes imunes inatos que também podem estar sob controle transcricional de MITF (Fig 4C) Dos nove DEGs imunes inatos, sete exibem um pico de MITF ChIP-seq que abrange seu local de início de transcrição e é congruente com um papel para MITF na regulação direta desses genes em seu promotor (tabela 1)A fim de confirmar que o MITF se liga a esses loci em melanócitos de camundongo, avaliamos a ocupação do MITF usando a reação em cadeia da polimerase quantitativa de imunoprecipitação da cromatina (ChIP-qPCR) para três dos sete ISGs em células de melan-a. Enriquecimento significativo de imunoprecipitação de cromatina (ChIP) de MITF foi observado nas regiões promotoras de todos os três ISGs previstos para serem alvos de MITF (Ifih1, Ifit3, e Stat1), bem como na região promotora de um gene alvo MITF conhecido, Dct (Fig 4D) Nenhum enriquecimento de MITF foi observado para a região de controle negativo, uma sequência dentro do centrômero. Estas observações suportam um papel regulador direto para MITF na repressão de pelo menos alguns ISGs dentro dos melanócitos.

    Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + camundongos exibem expressão de ISG regulada para cima, mas nenhuma alteração na densidade das células imunes dentro da pele

    Embora seja interessante que Mitf mi-vga9 / + camundongos exibem uma assinatura IFN e que o MITF inibe transcricionalmente alguns desses genes, o verdadeiro ímpeto deste estudo resultou de observações anteriores de que Mitf mi-vga9 / + causa maior diferenciação de McSC e cabelos grisalhos em combinação com o transgene Tg (Dct-Sox10) [17]. A fim de investigar se a sinalização imune inata aberrante pode explicar o envelhecimento do cabelo em Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + animais, primeiro avaliamos a expressão de Mitf e ISGs na pele de irmãos adultos gerados por acasalamento Mitf mi-vga9 / + e Tg (Dct-Sox10) / 0 animais. Curiosamente, a análise qRT-PCR revela que as peles de camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 exibem Mitf níveis semelhantes aos do tipo selvagem e peles de Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + camundongos exibem níveis reduzidos de Mitf que são indistinguíveis de Mitf mi-vga9 / + camundongos (Fig 5A) Isto está em contraste com a expectativa de que o transgene Tg (Dct-Sox10) aumentaria Mitf expressão devido à capacidade de SOX10 de regular Mitf transcricionalmente [51]. No entanto, em correlação com estes baixos Mitf níveis de expressão, skins de ambos Mitf mi-vga9 / + e Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + camundongos mostram uma regulação positiva significativa dos ISGs Ifih1, Irf7, Isg15, e Stat1, com Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + peles mostrando a regulação adicional de Ifit3 (Fig 5A ′) Porque Mitf mi-vga9 / + camundongos não exibem cabelos grisalhos [17], essas observações sugerem que pode ser a combinação única de desregulação de melanócitos via Tg (Dct-Sox10) / 0 e desregulação imune inata via Mitf mi-vga9 / + que leva ao envelhecimento exacerbado do cabelo grisalho observado em Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + e Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf mi-vga9 / + camundongos.

    (A, A ′) análise qRT-PCR de Mitf e expressão de ISG em pele isolada de adulto de tipo selvagem, Tg (Dct-Sox10) / 0, Mitf mi-vga9 / + , e Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + ninhada. Cada ponto no gráfico representa o valor da expressão da pele de um animal individual. As barras horizontais representam a média e os asteriscos indicam mudanças na expressão do gene com um q-valor de & lt0,05 usando o procedimento de escalonamento linear de dois estágios de Benjamini, Krieger e Yekutieli, com Q = 5%. (B) Número de células relacionadas ao sistema imunológico por uma área de 15 mm 2 de pele dos mesmos animais, conforme descrito em (A), colhidas no meio do anágeno. Os mastócitos foram detectados usando a coloração com azul de toluidina, e outras células do sistema imunológico foram detectadas por imunofluorescência para os marcadores indicados. Imagens representativas de seções histológicas usadas para contagens de células são fornecidas em S2 Fig. Cada ponto no gráfico representa a contagem de células de um animal individual e a barra horizontal representa a média. t testes não confirmaram diferenças estatisticamente significativas na densidade de células imunes ao comparar animais de tipo selvagem com Mitf mi-vga9 / + ou Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + animais. Os dados brutos usados ​​para gerar os gráficos em (A), (A ′) e (B) estão disponíveis em Dados S1. Actb, actina beta CD, cluster de diferenciação ISG, gene estimulado por IFN Mitf, fator de transcrição associado à melanogênese qRT-PCR, reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa quantitativa.

    Uma assinatura de IFN é comumente detectada em tecidos afetados de pacientes com doença autoimune. Usando os mesmos camundongos da Fig 5A, avaliamos se as mudanças nas populações de células imunes residentes e infiltrantes poderiam fornecer uma etiologia para cabelos grisalhos dentro de Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + camundongos. Em criosecções de pele, quantificamos mastócitos (coloração histológica com azul de toluidina), células T (CD4 +, CD8 +, CD3ɛ +), macrófagos e células dendríticas (CD11b). Estudos anteriores relatam uma depleção parcial dos mastócitos da pele em Mitf mi-vga9 homozigotos [52] no entanto, uma redução semelhante não é observada em Mitf mi-vga9 / + ou Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + animais. Além disso, a imunomarcação para CD3ɛ, CD4, CD8 e CD11b não indica nenhuma mudança evidente na densidade dessas populações de células imunes (Fig 5B, S2 Fig) Assim, o aumento do cabelo grisalho associado a Mitf mi-vga9 / + provavelmente não é o resultado da destruição de melanócitos mediada por células imunes.

    Redução de Ifih1 não é suficiente para resgatar Mitf mi-vga9 - cabelos grisalhos mediados

    Estudos recentes de associação do genoma levaram à identificação de mutações redutoras de função no interferon induzida com helicase C domínio 1 (Ifih1) como protetor contra o vitiligo em humanos [53]. Ifih1 é um dos alvos de transcrição diretos de MITF identificados acima (Fig 4) e codifica para a proteína MDA5. O MDA5 fica no topo da cascata de sinalização imune inata tipo I e funciona como um PRR citoplasmático que responde a padrões moleculares associados a patógenos (PAMPs) como o RNA viral [54]. Mutações de ganho de função de Ifih1 em humanos ou superexpressão de Ifih1 em camundongos está associado a uma assinatura do gene IFN sustentado e o torna um candidato razoável para mediar um efeito semelhante a jusante de Mitf mi-vga9 / + [55,56]. Assim, estávamos interessados ​​em avaliar se Ifih1 haploinsuficiência seria suficiente para reduzir o envelhecimento do cabelo causado por Mitf mi-vga9 no contexto de Tg (Dct-Sox10).

    O cabelo grisalho associado a Tg (Dct-Sox10) é mais facilmente visível em camundongos que são homozigotos para o transgene, com Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf mi-vga9 / + animais exibindo grisalhos robustos em 110 dias (Figura 1) Comparando Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf mi-vga9 / + camundongos para seus irmãos de ninhada, descobrimos que heterozigosidade adicional para Ifih1 (Ifih tm1.1Cln / + ) não reverte o envelhecimento do cabelo grisalho para os níveis observados em camundongos Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) (Fig 6, S3 Fig) No máximo, e em um sentido qualitativo, Ifih tm1.1Cln / + parece produzir uma pequena redução na mancha branca congênita existente na barriga. Essas observações sugerem que, embora o MITF possa reprimir Ifih1 em melanócitos in vitro, redução de Ifih1 in vivo é insuficiente para reverter o envelhecimento do cabelo associado a Mitf mi-vga9 / + . Isso pode indicar que a influência do MITF na regulação da imunidade inata se estende além da regulação de um gene individual, o que é consistente com o fato de que Ifih1 não é o único gene alvo imune inato diretamente a jusante do MITF (como mostrado em Fig 4).

    (A, B) Imagens de Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf mi-vga9 / + e Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf mi-vga9 / + Ifih tm1.1Cln / + companheiros de ninhada fotografados no dia pós-natal 95. (UMA) Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf mi-vga9 / + os animais exibem uma mancha branca na barriga ao nascer e os pelos prematuros envelhecem com a idade. (B) Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf mi-vga9 / + Ifih tm1.1Cln / + os animais também apresentam cabelos grisalhos e uma mancha na barriga ligeiramente reduzida. As imagens mostradas aqui são representativas de cinco réplicas biológicas para cada genótipo, com imagens adicionais fornecidas em S3 Fig. Ifih1 interferon induzido com helicase C domínio 1 Mitf, fator de transcrição associado à melanogênese.

    A administração sistêmica de poli (I: C) agrava o envelhecimento do cabelo em camundongos geneticamente suscetíveis

    Até este ponto, ainda não está claro se a desregulação imunológica inata associada a Mitf mi-vga9 contribui para o aumento do cabelo grisalho em camundongos Tg (Dct-Sox10) ou se esses dois fenômenos são meramente correlacionados. Investigar se a ativação da sinalização imune inata é suficiente para mediar mudanças na manutenção de McSC e envelhecimento do cabelo independente de Mitf, perguntamos se o cabelo grisalho pode ser induzido em camundongos expostos sistemicamente ao mímico viral poli (I: C). Poly (I: C) administrado in vivo por injeção intraperitoneal induz a produção de IFN tipo I, que é detectável no soro sanguíneo e no sistema linfóide [37,57]. Isso, por sua vez, inicia a resposta antiviral por meio da regulação positiva dos ISGs para limitar a replicação viral [58]. Para imitar a combinação de Mitf mi-vga9 e Tg (DctSox10) que leva a cabelos grisalhos exacerbados, examinamos a ativação imune inata mediada por Poly (I: C) no fundo de Tg (Dct-Sox10) e comparamos com o tipo selvagem.

    Para avaliar os efeitos de poli (I: C) na pigmentação do cabelo, os pelos ao longo da parte inferior das costas de cada camundongo foram arrancados para sincronizar e ativar o ciclo do cabelo, e os camundongos foram injetados com poli (I: C) por 3 dias sequencialmente, começando 4 dias após a depenagem. A presença de fios de cabelo grisalhos não pigmentados é detectada por inspeção visual assim que os fios de cabelo emergem da pele. Notavelmente, o tratamento com este imitador viral é suficiente para aumentar a quantidade de cabelos grisalhos presentes na área arrancada em camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0, mas não é adequado para induzir o cabelo grisalho no fundo do tipo selvagem (Fig 7A) Por imunomarcação para o marcador de melanócitos DCT em seções de pele desses camundongos, demonstramos que este fenótipo de cabelo grisalho é o resultado da redução quantitativa de McSCs (células DCT + na protuberância capilar) e melanócitos (células Dct + na protuberância capilar) Fig 7B e 7C) Esta mesma perda de células não é observada em animais de tipo selvagem que são tratados com poli (I: C). Tomados em conjunto, esses resultados sugerem que a regulação adequada da sinalização imune inata durante o crescimento ativo do cabelo é essencial tanto para os McSCs quanto para a diferenciação dos melanócitos e que esse efeito é desmascarado pelo histórico genético Tg (Dct-Sox10). Semelhante a Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + animais, o tratamento de camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 com poli (I: C) leva a um aumento do cabelo grisalho.

    (UMA) Camundongos do tipo selvagem (esquerda) e Tg (Dct-Sox10) / 0 (direita) foram arrancados ao longo da parte inferior das costas (a região arrancada é indicada pelas caixas tracejadas) para sincronizar e iniciar o ciclo do cabelo nesta área. Começando no quarto dia após a depenagem, os camundongos receberam uma injeção intraperitoneal em três dias consecutivos de 100 μL de água fisiológica sozinha (veículo) ou água fisiológica contendo 100 μg de poli (I: C). O crescimento do cabelo foi permitido prosseguir normalmente e os camundongos foram fotografados dentro do mesmo ciclo do cabelo, aproximadamente 21 dias após a arrancada inicial. As imagens mostradas aqui são representativas de 3-5 animais para cada genótipo e tratamento. (B, C) Histogramas da porcentagem de cabelos exibindo DCT + McSCs na protuberância do cabelo (B) ou DCT + melanócitos no bulbo do cabelo (C) de camundongos tratados de forma semelhante aos descritos em (A). Para este experimento, as peles foram colhidas no sétimo dia após a depenagem, seccionadas e imunomarcadas para DCT. Para os camundongos do tipo selvagem, cada histograma representa 75 cabelos avaliados em 3 animais para cada localização anatômica. Para os camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0, cada histograma representa & gt190 cabelos avaliados em 6 animais para cada localização anatômica. As distribuições do histograma foram avaliadas quanto à significância usando o teste de Kolmogorov-Smirnov. (D) Quantificação de DCT + McSCs pigmentados e não pigmentados dentro da protuberância de cabelo de camundongos tratados e preparados de forma semelhante aos descritos em (B). Para os camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 injetados com o veículo de controle, 256 McSCs foram avaliados em 3 animais. Para os camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 injetados com poli (I: C), 260 McSCs foram avaliados em 5 animais. A diferença na proporção de DCT + McSCs pigmentados e não pigmentados entre os tratamentos foi testada quanto à significância usando o teste exato de Fisher (p = 0,001). Os dados brutos usados ​​para gerar os gráficos em (B), (C) e (D) estão disponíveis em Dados S1. DCT, dopachrome tautomerase McSC, células-tronco de melanócitos poli (I: C) polinossínico: ácido policitidílico.

    A fim de investigar o mecanismo celular responsável pela perda de McSCs e melanócitos em camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 tratados com poli (I: C), realizamos análises histológicas adicionais para avaliar a infiltração de células T e apoptose. Usando a imunomarcação e o marcador de células T pan CD3ε, não encontramos nenhuma diferença qualitativa na localização ou densidade das células T nas peles de camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 injetados com poli (I: C) ou o controle de veículo (S4 Fig) A marcação dupla para DCT e o marcador apoptótico, caspase 3 clivada (CC3), também não revelou células CC3 + aparentes nos folículos capilares onde residem McSCs ou melanócitos (S4 Fig) Curiosamente, no entanto, um exame mais detalhado do estado de diferenciação dos McSCs em camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 tratados com poli (I: C) revelou uma redução significativa na porcentagem de McSCs ectopicamente pigmentados no cabelo. Anteriormente, estabelecemos que cerca de metade dos McSCs em camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 exibem um fenótipo diferenciado em comparação ao tipo selvagem [17]. No entanto, a proporção de McSCs ectopicamente pigmentados em camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 tratados com poli (I: C) é significativamente menor do que em camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 dado o controle de veículo (Fig 7D) Supomos que a queda nos números gerais de McSC observados em camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 tratados com poli (I: C) (mostrado na Fig 7B) é devido à perda específica de McSCs que foram inadequadamente diferenciados, e que o a perda desses McSCs ocorreu em um ponto de tempo anterior ou por meio de um mecanismo que não envolve a infiltração de células T ou apoptose associada a CC3. Curiosamente, cabelos grisalhos em Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + camundongos é mais progressivo do que o envelhecimento agudo observado em camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 tratados com poli (I: C) [17], e cabelos grisalhos em Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf mi-vga9 / + camundongos é precedida por diferenciação McSC excessiva, um fenótipo que não observamos nos camundongos Tg (Dct-Sox10) / 0 tratados com poli (I: C). No futuro, será importante avaliar se dosagens mais baixas de poli (I: C) podem conduzir a diferenciação McSC ou se esses dois modelos de cabelos grisalhos representam patologias celulares distintas.


    Genética e Personalidade

    Um dos campos de estudo mais fascinantes que envolvem a personalidade é a genética da personalidade. Este campo científico envolve a genotipagem de sujeitos e quantificação de sua personalidade por meio de um teste de personalidade padronizado. Ao longo dos anos, pesquisadores descobriram que vários genes podem estar ligados ao surgimento de traços de personalidade. Por exemplo, existe uma possível ligação entre o gene transportador de serotonina e o traço denominado neuroticismo, ou a tendência de experimentar estados emocionais negativos como raiva, ansiedade e solidão. Outro gene chamado AVPR1A está ligado ao “traço de crueldade de uma pessoa. Ainda outro gene, abreviado como MAOA, pode ser responsável pelo traço de personalidade ousado e guerreiro.


    • Use aspas simples para aspas e aspas duplas para aspas dentro de aspas.
    • Use letras minúsculas & # 8216x & # 8217 em & # 8216x-ray & # 8217, exceto no início de uma frase.
    • Use um único espaço após um ponto final.
    • Entre travessões () pode denotar um intervalo ou relacionamento entre dois substantivos. Em travessões (-) podem ser usados ​​no lugar de vírgulas ou colchetes. Não use espaços entre travessões ou travessões.
    • Incentivamos os autores a usar uma linguagem inclusiva (por exemplo, & # 8220they & # 8221 em vez de & # 8220he & # 8221 ou & # 8220she & # 8221) sempre que possível.

    Coloque as figuras e os gráficos no topo da página sempre que possível e não incorpore no texto. Dimensione e posicione os números para obter tamanho de fonte e exibição de informações consistentes.

    As figuras e tabelas serão colocadas o mais próximo possível de sua primeira citação dentro do texto (de preferência na mesma página) quando seu artigo for editado, entretanto, às vezes o número ou tamanho das figuras não permite isso.

    Numere todas as figuras e tabelas em ordem numérica. Caso contrário, serão renumerados como parte do processo de produção.

    Use rótulos, por exemplo, & # 8216 (a) & # 8217, & # 8216 (b) & # 8217, etc, onde uma figura tem várias partes. Explique todas as partes da legenda.

    Se a figura foi publicada anteriormente em outro lugar, obtenha permissão do editor original e inclua as permissões apropriadas na legenda da figura, mesmo que seja seu próprio trabalho.

    O estilo no texto para referência a tabelas e figuras é, por exemplo, & # 8216table 1 & # 8217 e & # 8216figura 1 & # 8217 (ou & # 8216Table 1 & # 8217 e & # 8216Figure 1 & # 8217 se no início de um sentença), respectivamente. Contrações (por exemplo, & # 8216tab. 2 & # 8217, & # 8216fig. 1 & # 8217) não são permitidas.


    TGFbeta em câncer

    A via de sinalização do fator de crescimento transformador beta (TGFbeta) é um elemento-chave na biologia dos metazoários, e sua desregulação pode resultar no desenvolvimento do tumor. A citocina reguladora TGFbeta exerce efeitos supressores de tumor que as células cancerosas devem evitar para a evolução maligna. No entanto, paradoxalmente, o TGFbeta também modula processos como invasão celular, regulação imunológica e modificação do microambiente que as células cancerosas podem explorar em seu benefício. Consequentemente, a saída de uma resposta TGFbeta é altamente contextual ao longo do desenvolvimento, em diferentes tecidos e também no câncer. A base mecanística e a relevância clínica do papel do TGFbeta no câncer estão se tornando cada vez mais claras, abrindo caminho para uma melhor compreensão da complexidade e do potencial terapêutico dessa via.

    Figuras

    Figura 1. O papel do TGFβ em ...

    Figura 1. O papel do TGFβ no câncer

    Em células normais e pré-malignas, o TGFβ impõe ...

    Figura 2. TGFβ e progressão tumoral

    Figura 2. TGFβ e progressão tumoral

    O TGFβ induz efeitos supressores de tumor que as células cancerosas devem contornar ...

    Figura 3. Organização da Sinalização de TGFβ e ...

    Figura 3. Organização da Sinalização de TGFβ e Links Fracos no Câncer

    Figura 4. Bloqueio da progressão pré-maligna por supressor de tumor ...

    Figura 4. Bloqueio da progressão pré-maligna por proteínas supressoras de tumor

    (A) TGFβ e BMP suprimem a progressão ...

    Figura 5. Respostas transcricionais supressoras de tumor para TGFβ

    Figura 5. Respostas transcricionais supressoras de tumor para TGFβ

    (A) Um complexo Smad ativado por TGFβ em células epiteliais ...

    Figura 6. Efeitos anti e protumorigênicos de ...

    Figura 6. Efeitos anti e protumorigênicos de TGFβ na diferenciação celular


    Os autores gostariam de agradecer ao seguinte pelo apoio financeiro à pesquisa: European Research Council (ERC-CoG 682394 para M. Bonizzoni ERC-CoG 615680 para RP van Rij) Ministério da Educação, Universidade e Pesquisa da Itália (projeto FARE-MIUR R1623HZAH5 para M. Bonizzoni e Dipartimenti Eccellenza Program 2018–2022 para Departamento de Biologia e Biotecnologia “L. Spallanzani,” University of Pavia) Human Frontiers Science Foundation (Research Grant número RGP0007 / 2017) para M. Bonizzoni e RP van Rij National Institutes of Saúde (R21AI135258 para M. Sharakova 1R01AI151004-01 e 1DP2AI152071-01 para OS Akbari R01AI32409 para A. Caccone) Agência de Projetos de Pesquisa Avançada de Defesa (DARPA) Concessão do Programa de Genes Seguros (HR0011-17-2-0047) para OS Akbari Netherlands Organization for Scientific Research (VICI grant number 016.VICI.170.090) para RP van Rij Ministério de Ciência e Tecnologia israelense (3-16795 para PA Papathanos) Programa de Pesquisa Intramural do National Human Genome Research Institute, National Institutes of Health to J. Ghurye, A. Rhie e AM Phillippy Intramural Research Program da National Library of Medicine, National Institutes of Health para F. Thibaud-Niessen generoso laboratório UCSD. fundos de inicialização para O.S. Akbari.

    Jeffrey Powell, Adam M. Phillippy e Mariangela Bonizzoni supervisionaram conjuntamente este trabalho.

    Afiliações

    Departamento de Biologia e Biotecnologia, Universidade de Pavia, Pavia, 27100, Itália

    Umberto Palatini, Elisa Pischedda, Michele Marconcini e Mariangela Bonizzoni

    Departamento de Entomologia e Fralin Life Science Institute, Virginia Polytechnic and State University, Blacksburg, VA, 24061, EUA

    Reem A. Masri, James K. Biedler, Atashi Sharma, Jeremy Jenrette, Maria V. Sharakhova e Zhijian Tu

    Departamento de Ecologia e Biologia Evolutiva, Universidade de Yale, New Haven, CT, 06511-8934, EUA

    Luciano V. Cosme, Adalgisa Caccone e Jeffrey Powell

    Genome Informatics Section, Computational and Statistical Genomics Branch, National Human Genome Research Institute, National Institutes of Health, Bethesda, 20892-2152, MD, EUA

    Sergey Koren, Jay Ghurye, Arang Rhie e Adam M. Phillippy

    National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, 20894, MD, EUA

    Françoise Thibaud-Nissen e Patrick Masterson

    Departamento de Entomologia, Faculdade de Agricultura, Alimentação e Meio Ambiente Robert H Smith, Universidade Hebraica de Jerusalém, 7610001, Rehovot, Israel

    Flavia Krsticevic e Philippos A. Papathanos

    Departamento de Entomologia, Texas A & ampM University, College Station, TX, 77843, EUA

    Departamento de Microbiologia Médica, Radboud University Medical Center, Radboud Institute for Molecular Life Sciences, P.O. Box 9101, 6500 HB, Nijmegen, Holanda

    Rebecca Halbach, Pascal Miesen e Ronald P. Van Rij

    Verily Life Sciences, South San Francisco, 94080, CA, EUA

    Divisão de Biologia e Engenharia Biológica, Instituto de Tecnologia da Califórnia, Pasadena, CA, 91125, EUA

    Departamento de Virologia, Unidades de Arbovírus e Vetores de Insetos, Institut Pasteur, Paris, 75015, França

    Laboratório de Genômica Evolutiva de Insetos, Instituto Federal de Pesquisa de Citologia e Genética, Ramo Siberiano da Academia Russa de Ciências, Novosibirsk, 630090, Rússia

    Dmitry A. Karagodin e Maria V. Sharakhova

    Laboratório de Ecologia, Genética e Proteção Ambiental, Tomsk State University, Tomsk, 634041, Rússia

    Divisão de Ciências Biológicas, Universidade da Califórnia, San Diego, La Jolla, CA, 92093-0349, EUA


    Assista o vídeo: Как я решил купить системник от invasion labs - читаем описание (Junho 2022).


Comentários:

  1. Kigakora

    Bravo, magnificent idea

  2. Tawil

    Bravo, que excelente resposta.

  3. Yozshulmaran

    Obrigado, deixei para ler.

  4. Andres

    Gente, vamos nos respeitar... Acho que o roteirista tem razão, bem, poderia ter sido mais suave. P.S. Parabenizo-o pelo último Natal!

  5. Yojin

    você foi visitado por uma ideia simplesmente magnífica



Escreve uma mensagem